一、克隆人违背了伦理学的不伤害原则
伤害了被克隆者。被克隆的是另外一个个体，这个个体是与克隆的原体完全独立的另外一个行为主体，这个主体受到了伤害。受到了什么伤害呢？首先从技术可能性的情况来看，我们无法预知，如果对某一种在功能上与其他基因紧密相连的基因进行干预性改变，生物体内的这种自然的相互牵制的系统会发生何种连锁反应。而根据目前掌握的知识，要想将人类基因组的所有基因重新进行准确的排列，并使之正常的发挥作用，是根本不可能做到的。恰恰是这一点构成了人们反对克隆人的一个重要理据。因为谁也无法排除这样一种风险：克隆技术很有可能导致大量的流产与残障婴儿。
二、克隆人违背了伦理学的自主原则
克隆人活动往往发生在下述情况中：比如，某对夫妇在事故中失去了独生子，他们希望他重获“新生”，于是便通过克隆技术再制造一个孩子，其身体中的绝大部分基因组是先前那个孩子的基因组的复制。这样尽管父母在一定程度上满足了某种欲望，但这整个行为方式对于被复制的孩子而言却意味着一种外来的决定，它将该儿童本属于偶然性的那部分自由（所谓自主原则，就体现在这种自由上）剥夺了，而人的一个最重要的本质特性，就体现在他的不可重复的独特性上。德国著名哲学家忧那思说，人的一个特殊的优先权就在于，每个人都有其自身的不可重复的特性。上述的那对夫妇因为太喜欢第一个孩子，就不生第二个孩子，而是克隆第二个孩子，生出的第二个孩子可能与第一个孩子的外形都不太一样，而克隆出来的却与第一个孩子没有太大差别，等于是让他“新生了”。可见第二个孩子完全是为了服从于父母的某种意图，作为父母的一个工具，父母通过他想起他们失去的那个孩子。而被克隆者作为人应享有的独特性便被剥夺了，他的那种不必非要有一个比他大30或60岁的同体同貌者的自由，便被粗暴地践踏了。英国有一个管理人工授精的机构，叫做人工受孕与胚胎学管理局，竟然打算允许患耳聋的父母在试管婴儿的培育中，有权按照自己的意志选择耳聋的胎儿，而淘汰掉健康的胚胎。他们觉得都处于耳聋状态，便有利于交流、培育，而英国皇家聋人研究所的发言人竟然说，这样一种选择是合适的，我们支持这样的选择。假如人们都完全可以按照自己的意志设计和培育后代，那么什么恐怖的事情都可能发生。