星盟的飞船追杀而至，秋之墩号和士官长被迫分别登陆4号光环。光环上的实验室中有一些当年先行者抓来做研究的洪魔，光环发动时因为身处其中反而逃过一劫。先行者在各个光环上派驻了会飞的人工智能——引导者，其使命是防止除回收者（人类或先行者）外的生物进入光环释放洪魔，并防止洪魔脱逃，如果洪魔已经逃出，为防止更大范围的感染，引导者要找到回收者，借助其身份开启光环（只有回收者才能发动光环），消灭杀伤范围中包括洪魔在内的一切生命（一个光环的杀伤范围约为七分之一个银河系）。
秋之墩号的船长误纵洪魔，感染了整个光环，为履行不让洪魔外逃的职责，引导者343罪恶火花哄骗士官长开启了光环，士官长发现被骗后悔不迭，于是费尽心机破坏了几个脉冲发射器，让杀伤波无法放出。之后，为了防止洪魔扩散到光环之外，士官长将4号光环炸毁。
光环2的情节紧接着光环1展开。士官长炸毁4号光环回到地球后，“悲怆先知”率星盟舰队进攻地球，最终被击退，士官长尾随其后，发现了5号光环----三角洲。士官长斩杀悲怆先知后，在星盟舰队轰炸下失去知觉，为光环上的尸脑兽所擒（此尸脑兽是5号光环上的洪魔又聚合成的生物，与十万年前的尸脑兽毫无关系）。三先知认为先行者在方舟中启动光环，除了杀灭银河系生物外，另一个作用就是将自己传送到先驱所在的“圣地”。为了踏上“朝圣之旅”，三先知欺骗了手下的各个种族（包括先知族），说开启光环可以净化全宇宙的生命，以利用他们寻找并占领各个光环和方舟。但被炸毁的4号光环的引导者----343罪恶火花从爆炸中逃了出来，将开启光环会杀死银河系所有生物的真相告知了4号光环附近的星盟驻军，驻军遂叛。
三先知将一名精英族舰长改造成特种战士（称为神风烈士），派其去镇压叛乱，被先知欺骗的神风烈士击毙叛军首领后，又登上5号光环，寻找发动光环的钥匙----“索引器”。在此期间，由于先知族一直戒备精英族，便借悲怆先知被杀之事指责精英族保护不力，并以此为由让鬼面兽族替代精英族的军事指挥地位。权力交替