力大，不易下手。不如先逮捕其他亲王，削弱反抗势力，再抓他就会容易得多。两人统一了意见，并征得建文帝的同意。于是，周王等几家亲王首先被抓了起来。
为侦察燕王行动，黄子澄又向北平派出了忠于朝廷的高级官员，并调派重兵，加强防范。还在燕王府中安插内应，密切监视。
燕王为争取时间，装起疯来：满街乱跑乱叫，抢人家的酒吃，颠三倒四乱说话。又整天昏睡泥地，大热天里围炉烤火。
齐泰不信燕王真疯。他逮捕了一个燕王府军官，了解到燕王即将起兵造反，立即指派北平最高军政长官张、谢贵带重兵围住燕王府，说是逮捕府中图谋不轨的官员。同时密令北平都指挥张信逮捕燕王。
然而燕王接到张信告密，决心立即起兵。他假装答应交出府中密谋造反的官员，将张、谢贵二人引诱到府中杀死，清除了朝廷安置在他府中的内应，立即迅速占领整个北平，举起了反叛的大旗。
朱棣宣告，起兵是为了清除皇帝身边的奸贼，是“靖难”，也就是平定内乱。这次战争，被称为“靖难之役”，实质上是叔侄间争夺皇位的战争。
建文帝以朝廷的名义，调派军队对叛军实行征讨。朝廷军队（南军）依仗人数众多，财力丰厚，战争的初期，多占优势，几度打到北平城下。但燕军（北军）久经战斗，战斗力强，燕王自己又很会打仗，南军不但没有攻下北平，反而多次被打得大败，损失惨重，北军开始南下。
建文帝生性优柔寡断。燕王还未公开造反时，曾到应天朝见，态度傲慢，不肯跪拜。有大臣建议以此为借口，将他抓住，迁到江西南昌，将战争消灭在没有爆发之前。建文帝却说：“我们是至亲骨肉，不必追究。”放过了他。开战后，建文帝又嘱咐不要杀死燕王，不要让自己背上杀害叔父的罪名。这就大大捆绑住官兵的手脚，燕王几次濒临绝境，都因南军不敢直接伤害他而逃离险境。
双方在河北、山东、河南、江西、安徽之间来来回回，打了三年，互有胜败。
公元1402年，战争出现了转折。燕王大军南下，直扑应天。建文帝所重用的齐泰、黄子澄等人，忠心有余，韬略不足，此时，朝廷方面力量差不多耗尽，文武官员纷纷外逃，京城守备空虚。建文帝无可奈何，只得撤了